Dificil respuesta. Yo soy de los que piensan que la libertad de expresión es sagrada, y desde mi punto de vista, en los casos que pones pueden ser reprobables pero no deberían ser sancionables.

De lo que si estoy seguro es que en España no funciona igual según de quien se trate. O no tendríamos raperos y cantantes exiliados y juzgados o titiriteros encarcelados o gente en un tribunal por "cagarse en dios", pero si tenemos franquistas y nazis haciéndo apología del asesinato tranquilamente o policías amenazando en la red a menores sin ningún problema.

Lo que me diga la Iglesia

¿Quemar una bandera de España es libertad de expresión? ¿Y una LGTB? ¿Y una bandera religiosa? ¿Y una ikurriña? ¿Y una foto de alguien? 

Todo eso debería ser libertad de expresión.

¿Alquilar un pabellón municipal o pedir un aula de una universidad para hacer apología de la Unión Soviética o el franquismo debería ser posible? En la universidad mientras sea un debate con un mínimo de seriedad, sí. En un local del ayuntamiento yo creo que no, pero tengo dudas. 

¿Un ayuntamiento puede colocar banderas no oficiales si eso es apoyado por una mayoría de los ciudadanos?

No. Las instituciones deben limitarse a utilizar los símbolos oficiales. Y en determinados espacios, entre los que desde luego no estaría el salón de plenos ni la fachada del ayuntamiento, se podría incluir alguno no oficial pero siempre que el consenso sea muy amplío y que quede claro que no es un símbolo oficial y que está supeditado a los que sí lo son. Lo público se debe procurar que sea de todos, no solo de una mayoría.

¿Debería desparecer el delito de ofensa a los sentimientos religiosos como un delito independiente del de injurias, etc?

Sí. Incluso el delito de injurias es cuestionable que se deba castigar penalmente en mi opinión.

Quemar banderas ( o pisotearlas, etc.) me parece de mala educación, pero NO debería ser delito.

El resto de temas son más difíciles y no siempre tengo un criterio claro:

-¿Quemar fotos del Rey, o un politico o artista, etc? Creo que tampoco debería ser delito.

-Insultos: ¿ Cuáles? Llamar a alguien "incompetente" NO puede serlo. Llamarlo "corrupto"...¿ estás atentando a su dignidad? Dudoso. Pero si lo llamas "hijo de p...", ahí sí creo que debe ser sancionable : multa y sobretodo rectificación o disculpas; no cárcel.

Cuando entras en los detalles, el tema es complejo y hay que empezar a hilar fino, para mantener el equilibrio entre un debate "sano, maduro y libre" y al mismo tiempo evitar los insultos, calumnias, etc., que pueden no solo ser ofensivos sino envenenar este mismo debate.